Al costat de la nau de l’Epístola, es troba la petita capella de Sant Tomàs amb les pintures més antigues de la Seu, datades al primer terç del segle XIII. Pel que fa a la iconografia, hi conviuen dues temàtiques diferents: d’una banda, una Maiestas Mariae acompanyada pel col•legi apostòlic i un Agnus Dei localitzat a la part superior; de l’altra, una decoració de motius geomètrics d’entrellaçament de traceria mudèjar a la part inferior.