Siguiendo la dinámica de los siglos anteriores, la colina fue de nuevo un escenario bélico. Completada la obra de fortificación, las intervenciones fueron mínimas durante el conflicto (1936-1939), si bien cabe destacar la instalación de baterías antiaéreas en los baluartes del Rey y de la Reina o el destino de algunos espacios de la colina como zonas de fusilamiento.
También hubo pequeñas obras, como la construcción del refugio antibombardeo situado bajo el Castillo del Rey o la del búnquer construido en la zona del baluarte de Louvigny, ambas todavía visibles. Finalmente, la catedral fue convertida en un campo de concentración a partir de abril de 1938.