À côté de la nef de l’Épître, on trouve la petite chapelle de Sant Tomàs, avec les plus anciennes peintures de la Seu, datées du premier tiers du XIIIe siècle. Pour ce qui est de l’iconographie, deux thématiques différentes se partagent l’espace : d’un côté, une Maiestas Mariae accompagnée du collège apostolique et un Agnus Dei localisé sur la partie supérieure ; de l’autre, une décoration à base de motifs géométriques, des entrelacements de remplages de style mudéjar, sur la partie inférieure.